实际上与岸本的设定有关系，岸本为了对抗原有的查克拉体系设计出来仙术体系，也就是火影主世界中本身具备的能量，与神树吸收以后供大筒木一族使用的查克拉还是有区别的，下面具体说明一下。
火影中圣地点动物使用的能量属于火影主世界原本就存在的能量，也就是仙术，而在辉夜降临地球之前火影主世界中的人类还无法使用和吸收这种自然能量。
按照火影里边的设定，所谓的查克拉本意是指忍者发动各项忍术幻术技能所需要的能量供应（查克拉的定位就相当于现实世界中手机运行需要电力供应一样），后面引申到火影主世界中不同体系技能的能量总称，火影中遗留的坑还是比较多的，比如对于查克拉范围大界定就比较模糊。
不过根据火影中的剧情还是能够大致梳理出来火影中各大圣地（妙木山，湿骨林和龙地洞）生物与常规忍者使用的查克拉的区别的。
按照后续动画版对于仙术起源的设定来说圣地生物使用的发动各项技能的能量属于火影主世界原本就具有的能量，与经过神树吸收提纯以后更加适应大筒木一族体质的能量有所不同，题目所问的查克拉应该就是指经过神树吸收火影主世界自然能量提纯以后得到的查克拉。
与火影主世界中原本的自然能量是有联系和区别的，导致的结果就是单纯接受神树查克拉的忍者并不能完全兼容和掌握火影主世界中原本的自然能量。
从火影动画版的剧情来看在大筒木一族派遣辉夜到这个星球上之前，原本的自然环境中就已经存在所谓的自然能量了。而辉夜降临之前的人类由于某种原因还无法掌握和使用这种能量，但是火影主世界中圣地点生物却能够很轻松地利用这种能量，应该是不同物种之间的结构差异导致吸收和力量自然能量的差异而已。
而且由于生存空间有些人类和圣地点的生物可以说是竞争关系，掌握了修习火影主世界本土自然能量（也就是仙术）的生物怕失去核心竞争力并没有向人类透露如何使用自然能量的方法，毕竟非我族类其心必异。
这些圣地本土生物也担心人类掌握了自然能量的使用方法以后会对自己族群点生存造成威胁。好在双方暂时能够达到力量上的平衡，加上神树吸收能量会让未来火影主世界中自然能量越来越少威胁到圣地生物的生存，蛤蟆仙人才会想要与辉夜的儿子六道仙人联手阻断神树吸收查克拉的过程，而联手的条件就是蛤蟆仙人让六道仙人掌握了仙术。
岸本引出而仙术设定实际上是为六道仙人等人顺利封印辉夜创造条件，否则以辉夜在力量上的绝对优势，即使打败了辉夜在逻辑上也说不通。
火影中圣地生物使用的自然能量并不是来自于辉夜经过神树吸收主世界自然能量产生的查克拉，因此即使没有适合忍者使用的查克拉，人家圣地生物同样有自保点手段和战斗力。
火影中忍者的祖先实际上是六道仙人建立的忍宗→而忍宗的的出现也和六道仙人的自身经历有关系，原本辉夜是大筒木一族派遣到火影主世界种植神树并看守神树吸收自然能量形成查克拉的，但是在这个过程中辉夜与火影主世界中的普通人产生了感情，有了同时具备大筒木血脉以及火影主世界中普通人血脉的后裔（辉夜的两个儿子大筒木羽衣和羽村），也为传递神树果实的能量查克拉提供了基础。
后面辉夜擅自吃掉了神树吸收自然能量以后形成的果实拥有了强大的查克拉，辉夜也把自己一部分的查克拉传给了自己的两个儿子。
六道仙人由于同时具备普通人与大筒木一族的部分血统，也让后续传递查克拉给其他人提供了理论基础，毕竟火影主世界的普通人与六道仙人在身体结构方面有类似的地方，导致六道仙人建立了忍宗以后能够把自己的查克拉传递给自己忍宗的弟子。
在六道仙人传递自身查克拉以及阿修罗开发了忍术使用需要的结印手段以后，火影中忍者依赖查克拉进行战斗的体现才形成。也就是依靠结印手势＋查克拉输出→形成忍术物理攻击效果，由于后续剧情中出现的角色大筒木一族的血统越来越弱，导致其使用查克拉的过程以及兼容自然能量的过程越来越繁琐和困难。
所以个人认为在辉夜降临地球之前圣地生物使用的修习方式和体系与后来忍者常规使用点模式差距还是很明显的，忍者使用的查克拉与圣地生物使用的仙术（自然能量）有差别，忍者的查克拉根源是火影中的自然能量，因此即使没有所谓的查克拉圣地生物仍然能够利用吸收自然能量的能力来掌握仙术。
最后总结一下，实际上火影中的圣地生物能够学习仙术的原因在于其技能能源系统与忍者使用的查克拉区别明显，由于生理结构和物种差异让圣地生物无需忍者一样需要使用神树吸收自然能量以后经过加工的能量（查克拉）。
这些生物使用的可以说是火影主世界中更加原始的能量，后续辉夜到来以后让忍者继承的查克拉根源实际上还是火影主世界本身的自然能量，因此即使圣地生物没有类似普通忍者的查克拉照样能够学习仙术。分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。
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